质谱 (MS) 使研究人员能够研究许多特性，例如样品的分子量、结构、特性、数量和纯度。当与液相色谱技术相结合能成为一种强大的分析工具，能够从复杂的生物混合物（如牛奶、血清和全脂）中提取有关一系列化合物的有意义的数据，包括药物代谢物、肽和蛋白质-细胞裂解物。

        一、液相色谱与质谱

        在将样品引入 MS 仪器之前，通常通过过滤掉颗粒物、浓缩分析物、脱盐和通常分离出可能导致背景离子或抑制电离的化合物来制备样品。大多数情况下，许多或所有这些步骤都是由 HPLC、UPLC 系统完成的。样品制备需要对样品进行预处理。比如流动相进系统前，通过恒谱生溶剂过滤器过滤颗粒污染物。

        HPLC、UPLC 这些系统可以在高压/低流速下运行，并且允许用户通过直接连接、在线、与MS 通过电离装置。如果是超高压液相色谱系统，系统内部压力非常高，对于色谱耗材也需要uhplc专用。2.1#超高压UPLC保护柱预柱捕获样品中增加背压和影响基线噪音的污染物，延长色谱柱的使用寿命。

        电离装置的早期化身要求样品在真空下电离，严重限制了可以分析的化合物的选择。较新的技术，如电喷雾电离 (ESI)，现在可以在大气压下进行电离，从而大大扩展了曲目。一旦离子化，分析物（主要由水或质子或电子的添加或损失产生的离子）将与中性（不带电的）分子进行机械和静电分离。根据仪器的配置，允许所有或选定的子集通过检测器，该检测器绘制离子相对于信号强度（表示丰度）的 m/z 图表。

        二、串联质谱

        从单级 MS 获得的 m/z 信息非常有价值，有时可用于识别小分子。但对于更大、更复杂的分子，通常需要互补的结构信息。通过 LC/MS 分析复杂的蛋白质混合物通常从胰蛋白酶消化过夜以产生肽开始，然后通过收集串联 MS 数据在肽水平鉴定蛋白质。

         在串联 MS 中，样品依次通过仪器的不同阶段，每个阶段都会对其进行选择或破碎等过程。例如，在三重四极杆 MS 中，第一阶段选择特定的 m/z 范围，丢弃其余部分。然后，这些剩余的离子通过在第二阶段与中性分子碰撞而碎裂。新破碎的离子然后进入第三阶段，根据实验，扫描产物离子的光谱或选择性地监测一些离子。然后将这些光谱与实际或理论光谱数据库进行比较，以确定它们的身份，使研究人员能够将它们来自的母分子拼凑在一起。

        三、LC/MS 的其他用途

        LC/MS 的强大功能也经常用于识别蛋白质修饰，例如磷酸化和二硫键桥接。在 LC 提供的分离和串联 MS 丢弃非分析物离子的能力之间，LC/MS 是许多不同应用的选择。