柱填料的选择关系到色谱分离的可能性，而柱规格的选择直接影响分析速度、分离能力、检测能力及每次分析的溶剂消耗等。
　　
　　柱规格包括两方面：柱内径和柱长度。柱内径，分析型一般为2～6 mm,制备型20 mm，大者可达80 mm；柱长度，分析型5～30 cm，制备型15～50 cm。
　　
　　一般来说，柱内径不影响分离度与分析时间的关系。今天，柱技术已发展到不同柱内径的柱子能够具有相同的性能。不同内径的柱子又各具特点，对相同的分析时间和分离度来说，内径大的柱子比内径小的柱子多消耗溶剂。另一方面，较小内径的柱子对相同的检测信号来说所需样品量亦较少。
　　
　　因此，在样品量有限时，可使用小内径柱。柱长度增加虽可改善分离效果，但阻力也随之增加，必须提高入口压力。柱压是同时影响增加分离度和减少分析时间的主要障碍。分离度、分析时间及柱压三者相互制约，选择好其中两者，则第3个因素也就选好了。长柱可以给出高分离度，短柱可提供快速分离，我们可以根据样品情况去选用合适的色谱柱。